本发明涉及一种定向选择性分离肠道细菌的方法，属于微生物分离技术领域。本发明中提供了一种定向选择性分离肠道细菌的方法，在分离样品前，先对样品及在不同培养基生长的样品进行高通量测序，然后通过生物信息学标准化分析，选择所需求菌种丰度含量高的样品，并掌握其营养成分需求及细菌间的相互作用关系继而增加或减少相应的营养物质和细菌发酵液，从而定向分离获得所需求的菌种。

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